После грандиозного финала первого сезона, где Изуку Мидория публично бросил вызов Хирошиме Сайтаме, мир героев погружается в состояние хрупкого и опасного равновесия. Общество расколото: одни видят в Деку символ надежды и необходимых перемен, другие — опасного преступника, подрывающего сами устои. Геройское Общественное Безопасное Управление, опозоренное и ослабленное, проводит тотальную чистку рядов, а его новый лидер, холодный и расчетливый стратег, делает ставку на абсолютный контроль. В этой атмосфере всеобщего недоверия Мидория и его немногочисленные союзники вынуждены действовать в глубоком подполье, превращаясь из беглецов в организаторов настоящего сопротивления. Их цель — не просто выживать, а найти способ обезвредить таинственную «Систему», окончательно порабощающую причуды, и раскрыть правду о её происхождении, которая оказывается тесно связана с самыми мрачными тайнами золотого века героев.
Параллельно напряжение нарастает и в стане противников. Шигараки, унаследовав всю мощь Алл Фор Уан, оказывается в ловушке собственной трансформации, борясь за контроль над сознанием с призраками прошлого. Его Лига, теперь грозная армия номина, начинает действовать с пугающей координацией, преследуя цели, чья истинная масштабность пока скрыта. Судьбы Деку и Шигараки, двух сторон одной медали, неумолимо движутся к новому столкновению, но на этот раз их личная вражда отходит на второй план перед лицом общего, куда более древнего врага. Второй сезон становится историей о тотальной тени, накрывающей мир, где границы между героем и злодеем окончательно стираются, а каждый персонаж вынужден сделать окончательный и бесповоротный выбор, от которого будет зависеть не просто будущее общества, а сама природа человеческой индивидуальности.
