В обычной, казалось бы, школе «Токоно-Аи» учатся необычные девочки. Субэру, Хикари, Уцуки, Хосикадзэ и Канон выглядят как обычные старшеклассницы, но на самом деле они — Плеяды, волшебные существа, расследующие аномалии в человеческом мире по поручению таинственного Хранителя. Их повседневность — это поиск рассеянных по городу «дисков», содержащих фрагменты знаний. Однако их размеренная магическая жизнь внезапно переворачивается с ног на голову с появлением нового ученика-трансфера, Сидо. Этот скромный и вежливый юноша, мечтающий стать верховным правителем теней, случайно становится свидетелем их магии. Но вместо того, чтобы удивиться, он даёт им настолько безупречный и мудрый совет по сбору дисков, что даже опытные Плеяды теряют дар речи. Сидо, сам того не желая, начинает отбрасывать на их операции тень своего гениального, но слегка извращённого ума.
Вскоре выясняется, что аномалии, с которыми сталкиваются девочки, становятся всё опаснее и страннее. Появляются могущественные артефакты и враги, явно не вписывающиеся в их обычные миссии. Плеяды понимают, что за этим может стоять некая тёмная организация, чьи цели неизвестны. И здесь им невольно начинает помогать Сидо, чьи «тренировки во тьме» и парадоксальная логика раз за разом приводят к ошеломляющим результатам. Он воспринимает их магические проблемы как идеальные полигоны для оттачивания своих навыков будущего властителя, а его случайные реплики и действия, совершаемые с каменным лицом, выглядят в глазах девочек как проявления невероятной, почти божественной силы и предвидения. Теперь Плеядам предстоит не только выполнять приказы Хранителя, но и разгадывать тайну самого Сидо, балансируя между его непреднамеренным садизмом во имя «тренировок» и растущей угрозой, которая может поглотить и их мир, и мир людей.
