Мир, который знали люди, перестал существовать после появления таинственных существ — Драконов. Они не просто атаковали, а методично стирали с лица земли всё, что связано с человеческой цивилизацией, оставляя после себя лишь пепел и руины. Единственным убежищем для уцелевших стал остров Мидгард, защищённый таинственной силой. Здесь, в полной изоляции, выросло новое поколение, среди которого — юноша по имени Юу Мононобэ. Его жизнь кажется обычной, пока в день его шестнадцатилетия на остров не обрушивается новый Дракон, нарушая хрупкий покой. В момент смертельной опасности Юу слышит странный голос и, следуя его указаниям, касается павшего в битве дракона. Вспышка света, и дракон исчезает, а в груди у Юу появляется странное свечение — ядро. Он становится уникальным существом, Драконом-перевёртышем, способным принимать форму чудовища и использовать его силу.
Это превращение делает его ключевой фигурой в секретной организации «Нифльхейм», которая уже много лет готовит детей-солдат, обладающих способностью к парному синхронизированию, для борьбы с драконами. Юу вступает в отряд «Котобуки», где каждый пилот сражается в паре с девушкой-«маркировщицей». Его напарницей становится загадочная и отстранённая Ирис Фрейя, прибывшая на остров одновременно с последней атакой. Вместе с товарищами по отряду им предстоит не только отражать атаки всё более странных и могущественных Драконов, но и разгадывать тайны, окутывающие их мир. Почему драконы атакуют только определённые цели? Что скрывает руководство «Нифльхейма» и каковы истинные цели организации? И главное — кто такая Ирис на самом деле, и как её судьба связана с апокалипсисом, постигшим человечество? Ответы на эти вопросы ведут Юу и его друзей за черту привычной реальности, к осознанию того, что битва идёт не только за выживание, но и за право определить будущее всего живого.
