Война с Биологическими созданиями, известными как Смертоносные, продолжает пожирать континент. После событий первого сезона отряд 404, ведомый Командиром, получает новое, крайне рискованное задание. Разведка обнаружила, что Смертоносные начали проявлять невиданную ранее координацию и тактическое мышление, словно за ними стоит некий коллективный разум или дирижёр. Чтобы выяснить источник этой угрозы, отряд отправляется вглубь оккупированных территорий, где сталкивается не только с мутировавшими, более опасными формами врага, но и с фракциями людей, преследующих собственные цели. В этом хаосе всплывают секреты происхождения Смертоносных, а также тёмные тайны самой Грифон и Крыла, корпораций, контролирующих войну. Девушкам-оружию предстоит понять, что их враг — это не просто слепая сила природы, а результат чьих-то амбиций и ошибок прошлого.
Параллельно с внешней угрозой нарастает внутреннее напряжение. В отряде 404 появляется новая загадочная тактическая кукловод, чьи методы идёт вразрез с принципами Командира. Её циничный подход и готовность жертвовать подчинёнными ради победы ставят под сомнение саму ценность человеческой жизни и душ, вложенных в девушек. М4А1 и её подруги вынуждены балансировать на грани, пытаясь выполнить приказы, не потеряв себя. Каждая битва становится испытанием не только навыков, но и веры друг в друга. В то время как Смертоносные всё ближе подбираются к последним оплотам человечества, героиням предстоит сделать невозможный выбор: следовать приказу, который может спасти миллионы, но уничтожить их собственную семью, или пойти против системы, рискуя всем. Второй сезон — это история о цене войны, о том, как легко стать монстром, сражаясь с монстрами, и о том, что даже в самом аду можно найти свет, если держаться за руки тех, кто тебе дорог.