Второй сезон «Мэйджора» подхватывает историю спустя несколько лет после событий первого. Город Харафура, который когда-то был лишь скоплением разрозненных построек, превращается в полноценный мегаполис. Главный герой, Дайсукэ Хонда, уже не просто талантливый новичок, а признанный питчер высшей лиги, чье имя гремит по всему миру. Однако успех не приносит покоя. В новом сезоне он сталкивается с вызовом, который ставит под угрозу всю его карьеру: травма плеча, полученная в финале предыдущего чемпионата, дает о себе знать. Врачи запрещают ему бросать, но Дайсукэ, одержимый идеей вывести свою команду «Харафура Блэк Джекс» к победе в Мировой серии, отказывается ложиться под нож. Он ищет альтернативные методы лечения, тренируется через боль, рискуя навсегда остаться инвалидом. Параллельно с этим в городе появляется загадочный новичок — молодой питчер из Японии по имени Синтаро Сато, который бросает с невероятной скоростью, но абсолютно не умеет играть в команде. Его привозит старый друг Дайсукэ, скаут Кадзуя, который видит в парне будущую звезду. Сато боготворит Хонду, но его эгоизм и нежелание подчиняться тактике разрушают химию в клубе. Дайсукэ, понимая, что команда важнее личных рекордов, берет Сато под свое крыло, пытаясь научить его не только бросать мяч, но и слышать товарищей. Но травма прогрессирует, и на одном из матчей рука Хонды отказывает прямо на питчерской горке. Команда проигрывает решающую игру, и Дайсукэ впервые в жизни чувствует себя беспомощным. В раздевалке он срывается на Сато, обвиняя его в поражении, но позже понимает, что злость направлена на самого себя. Сато, потрясенный срывом кумира, решает доказать, что достоин быть его преемником. Он начинает учиться контролировать свою агрессию и работать в защите. Тем временем Дайсукэ тайно улетает в Германию на экспериментальную операцию, оставив команду без лидера в самый разгар плей-офф. Без него «Блэк Джекс» проигрывают матч за матчем, и только Сато, взявший на себя роль временного питчера, ценой невероятных усилий вытаскивает серию в седьмой решающий матч. За час до игры в аэропорту приземляется самолет. Дайсукэ, с закованной в гипс рукой, появляется на стадионе. Он не может бросать, но он может быть кэтчером. В финальном иннинге, когда счет 2:2, базы забиты, а на бите стоит лучший отбивающий лиги, Дайсукэ снимает гипс, берет биту и выходит на поле. Вся арена замирает. Он знает, что один удар может навсегда разрушить его плечо, но он также знает, что это его последний шанс. Сато смотрит на него с тренерской скамьи и понимает: настоящий герой не тот, кто никогда не падает, а тот, кто встает, даже когда все кости трещат. Дайсукэ замахивается, и мяч улетает за трибуны. Хоум-ран. Победа. Но когда он бежит к первой базе, его рука безвольно повисает. Он падает на колени, но улыбается. Сато подбегает к нему и, рыдая, поднимает его руку вверх, показывая судье, что касание было. Сезон заканчивается кадром, где Дайсукэ, лежа на носилках, смотрит в небо и шепчет: «Я сделал это». Второй сезон «Мэйджора» — это история не о бейсболе, а о цене, которую платишь за мечту, и о том, как трудно передать эстафету тому, кто еще не готов ее принять.
