Однажды весь мир накрывает таинственная вспышка света, и за секунду всё человечество превращается в камень. Проходят тысячи лет, и однажды оковы камня трескаются — пробуждается гениальный старшеклассник Сэнку Исигами. В отличие от остальных, он не теряет ни секунды: его разум, переполненный научными знаниями, уже строит план. Сэнку знает, что без технологий люди обречены на вымирание, и ставит перед собой безумную цель — заново создать всю человеческую цивилизацию с нуля, от палки-копалки до космических кораблей. Первым делом он находит своего друга Тайдзю, силача с добрым сердцем, и вместе они начинают пробуждать других людей. Но не все рады возвращению к жизни. Среди окаменевших оказывается Цукаса Сисио — юный боец с нечеловеческой силой и собственной философией. Он считает, что старый мир был прогнившим, и хочет построить новый, чистый мир без взрослых и технологий, основанный только на силе и молодости. Так начинается раскол: Сэнку стремится к прогрессу и науке, Цукаса — к первобытной утопии.
Сэнку и его верные союзники, включая гениального ремесленника Кромэ и бесстрашную воительницу Кохаку, бегут на необитаемый остров, чтобы в безопасности возродить науку. Здесь, на Каменном мире, каждый день — это битва за выживание и открытие. Сэнку буквально из грязи и палок создаёт мыло, антибиотики, электричество и даже мобильные телефоны, объясняя сложнейшие процессы так, что это понятно и увлекательно. Но Цукаса не дремлет: он собирает армию сильнейших воинов и объявляет охоту на учёного. Противостояние перерастает в глобальную войну, где на одной чаше весов — грубая физическая мощь, а на другой — сила знания и изобретательности. Сэнку понимает, что без ресурсов и людей ему не победить, и решает отправиться на Луну. Да, именно так: его конечная цель — не просто восстановить цивилизацию, а разгадать тайну окаменения, источник которой, по его расчётам, находится на спутнике Земли. Доктор Стоун — это гимн человеческой дерзости, где вместо магии и мечей правят химия, физика и инженерия, а главный герой доказывает, что один гениальный ум, вооружённый наукой, способен перевернуть целый мир.
