Второй сезон аниме «Мы не можем учиться!» подхватывает историю ровно в тот момент, когда Юига Нариюки, гениальный, но бедный старшеклассник, окончательно осознает, что его жизнь превратилась в бесконечный марафон по спасению чужих оценок. Его подопечные — две невероятно одаренные в своих областях девушки, которые, увы, абсолютно беспомощны в точных науках и гуманитарных предметах соответственно. Фумино Фурухаси, будущая поэтесса, с трудом складывает цифры, а Рицу Урабе, гениальный математик, не может написать сочинение, не впадая в ступор. Казалось бы, цель ясна: вытянуть их на бюджет в престижный университет. Но с каждым днем грань между репетиторством и чем-то большим становится всё тоньше. В этом сезоне к ним присоединяется Асуми Куними, девушка, чья страсть к физике граничит с одержимостью, но и у неё есть своя ахиллесова пята — гуманитарные науки. Теперь у Нариюки не две, а три ученицы, каждая из которых по-своему пытается привлечь его внимание, не всегда осознавая собственные чувства.
Помимо учебных будней, сезон наполнен чередой ярких событий: от школьного фестиваля, где каждый пытается проявить себя, до неожиданного лыжного лагеря, где холодная погода только подогревает страсти. Отношения между героями становятся запутаннее. Фумино, всегда скрывающая свои эмоции за маской спокойствия, всё чаще показывает уязвимость. Рицу, привыкшая полагаться только на логику, начинает замечать, что её сердце бьется чаще в присутствии Нариюки. Асуми же, с её прямолинейностью, вносит в эту динамику хаос и искренность. Параллельно раскрываются новые грани характера самого Нариюки: он не просто зубрила, а человек, готовый жертвовать своим временем и даже репутацией ради тех, кто ему дорог. Второй сезон — это не просто попытка сдать экзамены, это история о том, как общие цели и постоянное нахождение рядом превращают простое «ученик-учитель» в нечто гораздо более теплое, трепетное и запутанное, где каждый новый день приносит не только знания, но и новые поводы для смущения, ревности и неловких, но таких милых признаний.