Тихий провинциальный городок Токивара, затерянный среди гор, живет своей размеренной жизнью. Для старшеклассника Харуки это место — синоним скуки и предсказуемости, пока однажды он не замечает странность: его одноклассница Мидзуки, тихая и незаметная девушка, вдруг начинает вести себя так, словно они были лучшими друзьями с детства. Харуки уверен, что видит её впервые, но все вокруг — учителя, соседи, даже его собственная мать — утверждают, что Мидзуки всегда была здесь. Реальность начинает трещать по швам, когда Харуки находит старую фотографию школьного клуба, на которой Мидзуки стоит рядом с ним, хотя он клянется, что никогда не состоял в этом кружке. В тот же вечер он замечает, что на снимке постепенно исчезают лица других учеников, а наутро в школе никто не помнит, кто эти люди.
Пытаясь разобраться в происходящем, Харуки и Мидзуки натыкаются на заброшенный подвал старой ратуши, где обнаруживают странный механизм, похожий на проектор, и стопку пожелтевших дневников. Оказывается, Токивара — не просто город, а экспериментальная зона, где раз в несколько лет запускается программа «Очистка», стирающая из памяти жителей целые фрагменты прошлого. Люди, которых забывают, физически исчезают, превращаясь в пустые силуэты, видимые только тем, кто еще помнит. Харуки и Мидзуки выясняют, что следующий запуск запланирован через три дня, и на этот раз под угрозой исчезновения — все, кто знает правду. Им предстоит не просто спасти город от очередного перезапуска, но и понять, почему их собственные воспоминания не совпадают с тем, что записано в дневниках. Чем глубже они копают, тем яснее становится, что они сами — не те, кем себя считают, а их дружба может оказаться единственной нитью, удерживающей реальность от полного распада. В финале, когда механизм уже начинает гудеть, Харуки делает выбор, который навсегда изменит не только Токивару, но и его собственное представление о том, что значит быть живым.