Третий сезон «Психопаспорта» переносит действие в 2120 год, спустя восемь лет после событий второго сезона. Система Сивилла продолжает управлять обществом, но её методы становятся всё более изощрёнными, а границы дозволенного — размытыми. В центре событий оказываются двое новых инспекторов Бюро общественной безопасности: Арата Шиндо, обладающий феноменальной интуицией и способностью читать людей, и Кейн Игнатов, бывший беженец, чьё прошлое окутано тайной. Они работают в паре, дополняя друг друга: Арата видит суть преступлений, а Кейн — их механику. Их первое крупное дело — расследование гибели группы беженцев на борту загадочного корабля, которое быстро перерастает в разоблачение масштабного заговора. Выясняется, что за преступлениями стоят не просто отдельные преступники с помутнённым коэффициентом, а организованная группа, способная манипулировать самой системой. Эти люди, называющие себя «Фокусниками», не оставляют следов в информационной сети и используют уязвимости Сивиллы, чтобы совершать идеальные убийства. Арата и Кейн вынуждены действовать на пределе возможностей, ведь их противник не просто нарушает закон — он ставит под сомнение саму необходимость Сивиллы.
Параллельно с расследованием раскрывается личная драма героев. Арата оказывается сыном легендарного инспектора Саги Яманаки, чья смерть много лет назад остаётся необъяснимой. Кейн же скрывает, что его настоящая цель — не просто ловить преступников, а найти способ уничтожить Сивиллу изнутри. Их партнёрство трещит по швам, когда становится ясно, что «Фокусники» каким-то образом связаны с прошлым обоих. В ходе погони за лидером группы, загадочным человеком по имени Кёко, герои сталкиваются с правдой: система не просто контролирует людей, она создаёт преступников, чтобы оправдывать своё существование. Финал сезона оставляет множество вопросов. Арата и Кейн раскрывают заговор, но ценой потери доверия друг к другу. Сивилла остаётся у власти, но впервые за долгое время её авторитет пошатнулся. Зритель понимает, что мир «Психопаспорта» изменился: теперь борьба идёт не с отдельными безумцами, а с самой структурой общества, где каждый может оказаться как жертвой, так и палачом.
