Второй сезон застает Рёму Сакамото и Ибуки в самый разгар гражданской войны Босин. Имперские силы, поддерживающие императора, уже близки к воротам Эдо, и падение сёгуната — лишь вопрос времени. Однако вместо того чтобы просто наблюдать за историей со стороны, Ибуки оказывается втянут в подпольную борьбу за будущее Японии. Его уникальное положение — человека из будущего, знающего исход войны, — становится одновременно проклятием и оружием. Он пытается спасти тех, кто обречен погибнуть, но каждое его вмешательство создает новые трещины в реальности. Появляется таинственная организация, также осведомленная о грядущих событиях, которая стремится не допустить объединения страны любой ценой. Ибуки понимает: его знания могут либо предотвратить кровавую бойню, либо навсегда исказить ход времени, превратив знакомую историю в нечто чудовищное.
Параллельно с политическими интригами раскрывается личная драма. Ибуки, разрывающийся между долгом перед прошлым и тоской по будущему, находит неожиданную опору в Рёме, который, зная о своем скором конце, продолжает улыбаться и шутить. Их дружба становится испытанием на прочность: сможет ли Ибуки нарушить закон времени, чтобы спасти того, кто изменил Японию? В финале сезона грань между исторической правдой и вымыслом стирается окончательно. Ибуки приходится сделать невозможный выбор — либо позволить событиям идти своим чередом, пожертвовав близкими, либо навсегда остаться в эпохе Бакумацу, отказавшись от возвращения домой. Последние кадры оставляют зрителя в напряжении: знакомые улицы современного Токио вдруг исчезают, сменяясь пылающим небом сражений, и становится ясно, что путешествие во времени обернулось ловушкой, из которой нет выхода.
