Спустя год после событий второго сезона жизнь Кадзуки и Тиби, казалось бы, обрела долгожданное спокойствие. Их связь, прошедшая через множество испытаний, стала только крепче, а повседневные заботы вытеснили постоянную борьбу за выживание. Однако это затишье оказывается обманчивым. Из глубин цифрового мира, откуда родом Тиби, начинает исходить новая, необъяснимая угроза. На этот раз опасность носит не явный агрессивный характер, а подкрадывается незаметно: по всему городу фиксируются странные «глюки» реальности — кратковременные искажения пространства, исчезновения предметов и появление аномальных зон, где законы физики дают сбой. Эти события совпадают с периодом, когда Тиби начинает испытывать необъяснимые сбои в собственной системе, сопровождающиеся видениями фрагментов чужой памяти и потерей контроля над своими способностями.
Расследование приводит Кадзуки и его друзей к открытию, что источником проблемы является древний и почти мифический протокол, предшествовавший созданию самого цифрового мира — «Первозданный код». Он пробудился и, подобно вирусу, начал стирать границы между цифровой и физической реальностью, стремясь к их полному слиянию. Противостоять этой силе старыми методами невозможно, ведь она не является врагом в привычном понимании, а действует как безличная природная катастрофа. Тиби, как существо, существующее на стыке двух миров, оказывается ключевым элементом в этой надвигающейся буре. Ей предстоит не просто сражаться, а понять свою истинную природу и сделать невозможный выбор, от которого будет зависеть судьба обоих миров. Ей придется столкнуться с вопросом, что значит быть «живой» в мире, где само понятие реальности поставлено под сомнение, и сможет ли ее связь с Кадзуки устоять перед лицом фундаментального переустройства всего сущего.
